Kraj leży w dorzeczu trzech rzek. Długą tradycję ma tu osuszanie terenów nadmorskich, jezior i zatok. W wyniku osuszania powierzchnia kraju zwiększyła się z 33,6 tys. km² do 41,5 tys. km². Ważne szlaki komunikacyjne stanowią kanały śródlądowe.
Na obszarze De Peel występują torfowiska wysokie. W pd.-wsch. części kraju na niewielkiej powierzchni – gleby płowe. W zachodniej części ciemne gleby ziemne powstałe na podłożu piaszczystym. Na terenach polderów występują gleby brunatne i płowe. Większość gleb została wysuszona, po czym zyskano urodzajne gleby.
Klimat Holandii jest morski, umiarkowany i ciepły. Średnia temperatura stycznia wynosi ok 2ºC. Natomiast w lipcu ok 18ºC. Mała amplituda roczna temperatur jest wynikiem zachodnich i południowo-zachodnich wiatrów, które łagodzą upały i chłody zimowe. Częstym zjawiskiem są mgły.